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Ce papier présente HLA-Resolve, une méthode de capture hybride à lectures longues couplée à un logiciel d'analyse optimisé, permettant un typage HLA haute résolution, rentable et automatisable pour les applications cliniques et l'étude du rôle de la région HLA de classe III dans les maladies.
Cette étude démontre, grâce à une modélisation génétique structurale, que le métabolisme des acides aminés à chaîne branchée influence le risque de diabète de type 2 et de maladie coronarienne de manière indépendante des facteurs de risque traditionnels tels que l'obésité et la dyslipidémie.
Cette étude démontre que chez une cohorte japonaise, un score de risque polygénique spécifique à la population, basé sur des données génétiques japonaises, est plus fortement associé au déclin cognitif mesuré par le MMSE que les scores dérivés de populations européennes, soulignant ainsi l'importance de l'adaptation ethnique pour l'évaluation du risque de maladie d'Alzheimer.
Cette étude démontre que l'activité génétique et épigénétique du gène SLC6A4 module spécifiquement la vulnérabilité au déclin cognitif et aux symptômes dépressifs chez les personnes âgées, les génotypes à faible activité étant associés à une plus grande susceptibilité, tandis que les génotypes à haute activité confèrent une résilience liée au volume de l'hippocampe.
Le package R open-source « faers » propose un cadre reproductible et évolutif pour la pharmacovigilance de précision en automatisant le nettoyage, la normalisation et la détection de signaux des données du système FAERS, permettant ainsi d'identifier des interactions démographiques subtiles et de valider des résultats cliniques avec une grande efficacité.
L'étude présente Bone2Gene, un outil d'intelligence artificielle basé sur l'analyse de radiographies des mains qui démontre une capacité prometteuse à détecter et à différencier divers maladies osseuses rares grâce à des modèles d'apprentissage profond.
Cette méta-analyse systématique révèle que, bien que les systèmes d'intelligence artificielle à base de grands modèles de langage améliorent le diagnostic des maladies rares lorsqu'ils sont enrichis de connaissances externes, leurs performances varient considérablement selon la composition des benchmarks et restent limitées par des risques élevés de biais et l'absence de validation clinique prospective.
L'article présente StratGWAS, un cadre évolutif qui améliore la puissance des études d'association pangénomique (GWAS) en intégrant l'hétérogénéité phénotypique pour repondérer les cas selon leur probabilité génétique, augmentant ainsi le nombre de loci significatifs identifiés tout en maintenant une spécificité élevée.
Cette étude identifie une nouvelle opportunité thérapeutique pour plus de 500 gènes porteurs d'allèles de maladies dominants et dispensables en démontrant que le ciblage allèle-spécifique de variations génétiques communes permet une thérapie génique agnostique aux mutations, élargissant considérablement la population de patients éligibles à travers divers systèmes physiologiques.
Cette étude utilise une analyse génomique multi-omiques pour cartographier les architectures génétiques partagées et distinctes entre la COVID-19 et d'autres troubles respiratoires, révélant des mécanismes moléculaires spécifiques liés à l'interféron et au métabolisme des surfactants qui pourraient guider le repositionnement de médicaments.
Ce papier présente un cadre national britannique, développé par la plateforme UPNAT, pour prioriser de manière équitable et reproductible les patients et les cibles thérapeutiques dans le traitement des maladies rares par oligonucléotides antisens.
Cette étude démontre que les sous-types histologiques du WHO du carcinome pulmonaire à cellules non petites de type adénocarcinome sont associés à des profils immunitaires et transcriptomiques distincts, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour la stratification des patients et l'optimisation des essais cliniques d'immunothérapie.
En analysant les séquences génomiques complètes de 490 549 participants du UK Biobank, cette étude a cartographié 49 121 associations significatives entre des variants rares (codants et non codants) et 1 342 phénotypes, comblant ainsi une lacune majeure dans la compréhension de l'architecture génétique des maladies et des biomarqueurs.
Cette étude démontre qu'un système de score de sévérité basé sur le génotype, tenant compte du type et de la localisation des variants du gène WFS1, permet de prédire avec précision l'âge d'apparition du diabète et de l'atrophie optique chez les patients atteints du syndrome de Wolfram.
Cette étude démontre que l'effet additif du score polygénique sur la variabilité d'expression des variants de nombre de copies (CNV) rares, ainsi que l'association positive observée entre ces deux facteurs, s'expliquent principalement par une sélection assortative généralisée au sein de la population.
Cette étude présente une ressource complète du méthylome du cancer ovarien de haut grade, révélant que les signatures épigénétiques, établies tôt et stables, sont associées à la résistance thérapeutique et détectables dans le sang, offrant ainsi un cadre pour le suivi par biopsie liquide.
Cette étude démontre la faisabilité d'un déploiement autonome du séquençage de l'exome entier en Algérie pour le diagnostic des troubles neurodéveloppementaux, tout en soulignant les défis majeurs liés à la sous-représentation des populations africaines dans les bases de données génomiques et la nécessité d'adapter les cadres interprétatifs et éthiques aux contextes locaux.
Cette étude utilise un cadre intégratif multi-omiques pour démontrer que la relation entre la maladie d'Alzheimer et le diabète de type 2 ne relève pas d'un risque partagé simple, mais plutôt d'une hétérogénéité spécifique aux locus et d'une pléiotropie antagoniste où les effets génétiques et régulateurs sont souvent opposés.
L'article présente CanVar-UK, une plateforme en ligne gratuite qui centralise des données génomiques et cliniques exhaustives pour faciliter l'interprétation collaborative des variants germinaux dans les gènes de prédisposition au cancer, tout en offrant un forum de discussion pour les professionnels de santé.
Cette étude, menée sur la cohorte BASE-II, démontre que parmi quatorze horloges épigénétiques testées, DunedinPACE est le biomarqueur qui présente les associations les plus fortes et les plus cohérentes avec le déclin cognitif chez les personnes âgées.